اختاپوسهای رایانهای که از هوش مصنوعی برخوردارند، تا ۴۸ ساعت بعد نسل بشر را منقرض میکنند. اسمیت که به نوعی ویروس رایانهای تبدیل شده؛ در ادامه تلاش برای تصاحب ماتریکس و انتقام خود از نئو است. نئو با بین (ایان بلیس) در گیر میشود، که در زایون توسط اسمیت آلوده به ویروس شده است، و وی نئو را کور می کند و در نهایت توسط نئو کشته میشود. نئو در میابد تنها راه نجات زایون، رسیدن به کامپیوتر اصلی است. وی پس از رسیدن به کامپیوتر اصلی وارد ماتریکس شده و نبرد سختی بین او و اسمیت رخ میدهد. در آخر نئو بخاطر هم نوعانش جانش را از دست میدهد و ماتریکس از نو باز سازی شده و پاک میشود. در پایان فیلم پیشگو به آرشیتکت میگوید که نئو آزاد شده است.